Info

🌱 來自：bioinfo

fastq_files

• A typical FASTQ identifier line of the reads generated by an illumine instrument looks as follows:

@<instrument>:<run num>:<flowcell ID>:<lane>:<tile>:<x>:<y>:<UMI> <read>:<filtered>:<control num>:<index>

The following command line will count the number of records stored in the FASTQ files

cat SRR030834.fastq | echo $((`wc -l`/4))

If we need to display the file name and read count for multiple files, with the “.fastq” file name extension, in a directory, we can use the following script

for filename in *.fastq;
do
echo -e "$filename\t `cat $filename | wc -l | awk '{print $1 / 4}'`"

這個命令包含了幾個不同的部分：

1. echo -e: 這個命令用於輸出文本到終端。-e 選項表示啟用特殊字符的解析，例如 \t 會被解析為 tab 字符。

2. "$filename\t: 在 echo 中，$filename 是一個變量，它代表著檔案的名稱。"\t" 是一個特殊的 escape sequence，表示插入一個 tab 字符。

3. cat $filename | wc -l | awk '{print $1 / 4}': 這部分命令是用來計算檔案中行數的四分之一。具體來說：

   • cat $filename 會將檔案的內容輸出到標準輸出。
   • wc -l 會計算輸入中的行數。
   • awk '{print $1 / 4}' 會將 wc -l 命令的輸出作為輸入，並將其第一個字段（即行數）除以 4，然後輸出結果。

總體來說，這個命令的目的是輸出檔案的名稱，後面跟著一個 tab 字符，然後是該檔案中行數的四分之一。